Ohne Schreibrechte für /var/www/.bash_profile ist es nicht möglich einen Alias für magerun einzurichten, damit man es direkt in /var/www/webroot/ROOT aufrufen kann. Alternativ kann man /var/www/bin erstellen und magerun dort platzieren und umbenennen, also /var/www/bin/magerun.
Anschliessend einfach die Datei /var/www/.profile mit folgendem Inhalt erstellen
export PATH=$PATH:/var/www/bin
Um sich nicht neu einloggen zu müssen, kann noch folgender Befehl ausgeführt werden, damit magerun auch im Magento Document Root zur Verfügung steht:
source ~/.profile